ตั้งอยู่บนดอยกองมูทางทิศตะวันตกของตัวเมืองแม่ฮ่องสอน เดินทางโดยแยกจากทางหลวงหมายเลข 108 บริเวณอนุสาวรีย์พระยาสิงหนาทราชาขึ้นไปทางซ้ายมือ เป็นทางลาดยางขึ้นภูเขาไปอีกประมาณ 1.5 กิโลเมตรถึงบริเวณวัด 

        วัดนี้เดิมมีชื่อเรียกว่า วัดปลายดอย เป็นปูชนียสถานคู่บ้านคู่เมืองที่สำคัญ ประกอบด้วยพระธาตุเจดีย์ที่สวยงาม 2 องค์ พระเจดีย์องค์ใหญ่สร้างโดย “จองต่องสู่” เมื่อ พ.ศ. 2403 เป็นที่บรรจุพระธาตุของพระโมคคัลลานะเถระ ซึ่งนำมาจากสหภาพพม่า ส่วนพระธาตุเจดีย์องค์เล็กสร้างเมื่อ พ.ศ. 2417 โดย “พระยาสิงหนาทราชา” เจ้าเมืองแม่ฮ่องสอนคนแรก จากวัดพระธาตุดอยกองมูนี้สามารถมองเห็นภูมิประเทศและสภาพตัวเมืองแม่ฮ่องสอนได้อย่างชัดเจนและสวยงามมาก วัดนี้มีงานเทศกาลประจำปีหลายงาน เช่น ในวันปีใหม่ วันสงกรานต์ โดยเฉพาะในวันออกพรรษาจะมีการตักบาตรดาวดึงส์ หรือตักบาตรเทโวโรหนะด้วย